该杂志创办于 1981 年，为国内外唯一的专门发表有关农业考古学研究成果的大型学术刊物。原主办单位为江西省博物馆、江西省中国农业考古研究中心。 1985 年由江西省社会科学院历史研究所和江西省中国农业考古研究中心主办； 1994 年起由江西省社会科学院和中国农业博物馆联合主办； 2003 年起由江西省社会科学院主办。
《农业考古》着重从考古学和生产力角度研究中国农业的起源和农业生产技术的发展历史，探讨中国农业的历史规律，总结其经验教训，贯彻古为今用的方针，普及农史知识，为实现中国农业现代化服务。主要栏目有：农史研究和农业现代化、农业的起源、稻作起源研究、农业考古发现与研究、农业历史研究、农业文明研究、农业工具、农业水利、林业、园艺、茶叶、渔业、畜牧兽医、古农书、古农学家、农业与饮食、农业与医学、少数民族农业、三农问题研究，以及资料索引、农史动态等。 1990 年以前为半年刊， 1991 年起该为季刊，每期 300 多页， 60 万字左右，为国内外篇幅最大的专业学术刊物。国内外公开发行，目前已发行到日、美、英、法、德、澳、意、瑞典、加拿大、韩国、新加坡、菲律宾、马来西亚等几十个国家。至目前为止，已出版 118期，共发表文章近 9000 多万字。
为了更好地为现实服务，适应自上世纪 80 年代末全国茶文化热潮兴起新形势，从 1991 年起《农业考古》改为季刊，将原有的“茶叶”专栏扩充为《中国茶文化专号》 , 每年 2 、5 期固定出版（至今已出版 42辑），因而也成为国内外篇幅最大、最具权威的茶文化刊物，并在日本、韩国、新加坡、马来西亚和香港、台湾等地区建立特约经销处。
2005 年，为了适应现实需要，经上级出版部门批准，又将《农业考古》改为双月刊，每年 3 、6 期固定为“三农问题研究专号”，专门发表有关“三农”问题的学术研究文章。
从2012年始，不再编辑出版“三农问题研究专号”，而是将“三农问题研究”常设为《农业考古》第1、3、4、6期的一个专栏，每期刊发少量研究当代“三农”问题的精品论文，即《农业考古》第1、3、4、6期为综合性（农、林、牧、副、渔、三农研究等）农史研究，2、5期为“中国茶文化”专号，专门发表有关茶文化方面的研究论文。
早在上世纪 80 年代，《农业考古》就已被中国农业科学院文献信息中心列为农业科学核心刊物，被中央民族大学图书馆列为民族学的核心期刊、被复旦大学列为文史类核心期刊。经西北农业大学图书馆用“引文分析法”测度评价，在全国 15 种文物考古、历史核心刊物中居第四位。 1993 年 12 月，经华东地区优秀报刊评委会评选，获得优秀刊物一等奖。 2003 年《中国核心期刊（遴选）数据库》收录， 2004 年、2008年和2011年被《中文核心期刊要目总览》编委会确定为“中文核心期刊”，2007年入选为CSSCI扩展版来源期刊，2013年入选“中国人文社会科学核心期刊”。
《农业考古》为国际标准大 16 开本，四色彩色精印，全年共 6 期。国内统一刊号： CN36 — 1069/K ，国际标准刊号： ISSN1006 — 2335 。